Sa carrière en tant qu’entraîneur s’agrandit très rapidement depuis qu'il n'est plus joueur. L'ancien gardien de l'OL entre 1997 et 2008 s'est engagé avec l'AS Cannes.
"Grégory Coupet rejoint lui aussi notre équipe technique comme entraîneur des gardiens. Il arrive en provenance des Girondins de Bordeaux, où il occupait le même poste. Son expérience, acquise notamment à travers son parcours de joueur (Équipe de France, OL, Atlético, PSG…), sera un vrai atout pour nos portiers", a annoncé le club de National 2.
Depuis 2016, l’ancien portier a traversé la France. D'abord entraîneur des gardiens de l'équipe réserve de l'OL, il sera ensuite promu avec l'équipe pro succédant à Joël Bats de 2018 à 2020. L’homme aux 519 matchs en Rouge et Bleu a ensuite rejoint Dijon jusqu'en 2022 puis les Girondins de Bordeaux. Maintenant direction le sud pour Grégory Coupet, en rejoignant l'équipe de Damien Ott pour la nouvelle saison.